Je ne sais pas pourquoi, mais entre Gtk3, Gtk4 et GNOME il y a du grabuge pour passer en thème Dark avec l'interface graphique des paramètres du bureau. Pour passer toutes les applications GNOME et Gtk en mode dark (même les récalcitrantes), il suffit de taper dans un Terminal:
gsettings set org.gnome.desktop.interface gtk-theme "Adwaita-dark"
gsettings set org.gnome.desktop.interface icon-theme "Papirus-Dark"